A l'origine, l'île de Dejima servait de base aux navigateurs portugais. L'isolement que permet une île avait pour but d'empêcher la propagation du christianisme au Japon. Plus tard, Dejima a servi de poste de commerce extérieur pour les Pays-Bas et de porte vers l'Occident. L'île donne au visiteur l'étonnante sensation de remonter le temps et de vivre l'histoire de près. Bien que Dejima n'existe plus dans sa fonction de comptoir commercial, elle a été consciencieusement restaurée au cours des dernières années. De nombreux bâtiments d'origine datant du 19e siècle ont été reconstruits, notamment des habitations, des magasins et des entrepôts.
